动物肠道菌群由厌氧菌、兼性厌氧菌和好氧菌三部分组成，其中健康动物肠道的优势菌群为厌氧菌，超过99%，以乳酸菌、双歧杆菌为主；好氧菌和兼性厌氧菌约占不超过1%，多为条件致病菌，如大肠杆菌、沙门氏菌等。当动物肠道致病菌数量大幅度上升，而有益菌数量下降时，动物就呈现生病状态，此时肠道厌氧菌与好养菌比例严重失调。